原生動物の種の数は65,000以上が知られていますが、活性汚泥中に出現する種類は約200種といわれています。その中で反応槽でよく出現するのは50種程度です。
原生動物を大きく分けてみると鞭毛虫類、肉質虫類、繊毛虫類があります。
鞭毛虫類
1本または多数の鞭毛を持っており、葉緑体を持つものと持たない種類がいます。
基本的には無性生殖を行い、縦に二分裂します。中には有性生殖するものもいます。
肉質虫類
葉状、糸状、網状の仮足があるものは仮足や原形質の流動により移動したりします。
球状のものはプランクトンのような浮遊生活を送ります。
繊毛虫類
二種類の核（大核と小核）を有し、横に二分裂します。単性単為生殖を行いますが、出芽や複合分裂することもあります。
トラケロフィルム
Trachelophyllum
コレプス
Clepus
プロロドン
Prorodon
リトノツス
Litonotus
アンフィレプツス
Amphileptus
ドレパノモナスコレプス
Drepanomonas
キロドネラ
Chilodonella
トコフィリア
Tokophrya
アキネタ
Acineta
キネトキルム
Cinetochilum
ボルティケラ
Vorticella
（和名）ツリガネムシ
ゾータムニウム
Zoothamnium
（和名）タチキガタツリガネムシ
カルケシウム
Carchesium
（和名）エダワカレツリガネムシ
エピスティリス
Epistylis
オペルクラリア
Opercularia
バギニコラ
Vaginicola
スピロストムム
Spirostomum
（和名）ネジレクチミズケムシ
ステントル
Stentor
（和名）ラッパムシ
ブレファリスマ
Blepharisma
アスピディスカ
Aspidisca
（和名）メンガタミズケムシ
カエトスピラ
Chaetospira
ユープロテス
Euplotes
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